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簡(jiǎn)要描述:lncRNA測(cè)序:長(zhǎng)鏈非編碼RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指長(zhǎng)度大于200 nt的RNA,位于細(xì)胞核內(nèi)或胞漿中,不參與蛋白質(zhì)編碼功能,以RNA形式在多種層面上(表觀遺傳調(diào)控、轉(zhuǎn)錄調(diào)控以及轉(zhuǎn)錄后調(diào)控等)調(diào)控基因的表達(dá)水平,在生命活動(dòng)中具有重要作用。
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lncRNA測(cè)序
長(zhǎng)鏈非編碼RNA測(cè)序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一種使用特定方法降低樣本中rRNA 的豐度,對(duì)富集到的 RNA進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建,再對(duì)高通量測(cè)序儀產(chǎn)出的數(shù)據(jù)進(jìn)行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性獲得樣本中大部分的lncRNAs信息,對(duì)lncRNAs的類(lèi)別、功能進(jìn)行深入分析,從而快速準(zhǔn)確地獲得與特定生物學(xué)過(guò)程(例如發(fā)育、**等)相關(guān) lncRNA信息。
數(shù)據(jù)分析內(nèi)容
標(biāo)準(zhǔn)分析項(xiàng)目
1) 去除接頭序列、低質(zhì)量序列,得到高質(zhì)量數(shù)據(jù);
2) 與核糖體數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì),去除核糖體RNA(rRNA)數(shù)據(jù)
3) 轉(zhuǎn)錄本組裝;
4) 鑒定已知轉(zhuǎn)錄本(包括已知lncRNA)和新轉(zhuǎn)錄本;
5) 預(yù)測(cè)新的lncRNA;
6) lncRNA定量及差異分析(需至少2個(gè)樣品);
7) lncRNA差異表達(dá)模式聚類(lèi);
分析項(xiàng)目
基于互補(bǔ)序列的lncRNA-mRNA互作分析;
構(gòu)建重要的lncRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)圖;
網(wǎng)絡(luò)拓補(bǔ)學(xué)分析及網(wǎng)絡(luò)模塊分析;
功能富集分析;
ceRNA預(yù)測(cè)分析;
lncRNA測(cè)序樣品要求
1.樣品類(lèi)型:細(xì)胞、新鮮組織或RNA樣品。
2.樣品量:細(xì)胞樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?×107個(gè)細(xì)胞,組織樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片,RNA樣品請(qǐng)?zhí)峁?0 μg以上的總RNA。
3.樣品質(zhì)量:RNA無(wú)明顯降解,提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間,濃度≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥7。
4.樣品保存:細(xì)胞樣品或新鮮組織塊(切成~50mg的小塊)可用TRIZOL或RNA保護(hù)劑處理或液氮凍存后,-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融。
5.樣品運(yùn)輸:樣品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰運(yùn)輸。
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