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簡要描述:全基因組重測序是對基因組序列已知物種的個(gè)體進(jìn)行基因組測序,并在個(gè)體或群體水平進(jìn)行差異性分析的方法。
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一、全基因組重測序服務(wù)介紹
全基因組重測序是對基因組序列已知物種的個(gè)體進(jìn)行基因組測序,并在個(gè)體或群體水平進(jìn)行差異性分析的方法。基于全基因組重測序技術(shù),我們能夠快速的進(jìn)行種子資源普查篩選,尋找到大量基因變異,并實(shí)現(xiàn)遺傳進(jìn)化分析及重要性狀候選基因預(yù)測。而隨著測序成本降低和已知基因組序列的物種增多,重測序已成為動植物育種研究中為迅速有效的方法之一。
二、全基因組重測序操作流程
提取基因組 DNA 并隨機(jī)打斷,電泳回收所需長度的 DNA 的片段,并加上接頭進(jìn)行 Cluster制備,后上機(jī)測序。利用雙末端( Paired-End) 的方案對插入片段兩端進(jìn)行測序,除獲得序列信息外,還有利于大片段結(jié)構(gòu)變異的挖掘。
三、指標(biāo)評價(jià)
測序深度是評價(jià)測序量的重要指標(biāo),測序深度的增加有利于基因組覆蓋度的上升,并同時(shí)減少測序的錯(cuò)誤率。在重測序個(gè)體水平采用雙末端測序,當(dāng)測序深度在 10X 以上時(shí),基因組覆蓋度和測序錯(cuò)誤率控制均得以。而在群體方面,3-5X 即可得到。
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