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簡要描述:circRNA高通量測序?qū)嶒灨攀?/br>環(huán)狀RNA(circRNA)高通量測序是一種專門用于檢測和分析細胞中circRNA表達譜的技術(shù)。circRNAs是一類特殊的非編碼RNA分子,它們通過反向剪接形成閉環(huán)結(jié)構(gòu),這種結(jié)構(gòu)使它們在細胞中相對穩(wěn)定,不易被核酸酶降解。circRNAs在多種生物學過程中發(fā)揮作用,包括作為miRNA海綿、調(diào)控基因表達等,因此,對它們的研究對于理解細胞功能和疾病機制具有重要意義。
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circRNA高通量測序?qū)嶒?/strong>概述
環(huán)狀RNA(circRNA)高通量測序是一種專門用于檢測和分析細胞中circRNA表達譜的技術(shù)。circRNAs是一類特殊的非編碼RNA分子,它們通過反向剪接形成閉環(huán)結(jié)構(gòu),這種結(jié)構(gòu)使它們在細胞中相對穩(wěn)定,不易被核酸酶降解。circRNAs在多種生物學過程中發(fā)揮作用,包括作為miRNA海綿、調(diào)控基因表達等,因此,對它們的研究對于理解細胞功能和疾病機制具有重要意義。
circRNA高通量測序?qū)嶒?/strong>流程
circRNA高通量測序的實驗流程通常包括RNA提取、circRNA富集、cDNA合成、文庫構(gòu)建和高通量測序。由于circRNAs缺乏poly(A)尾部,傳統(tǒng)的基于oligo dT的mRNA富集方法不適用于circRNA,因此需要采用特定的富集策略,如使用RNase R消化去除線性RNA,保留環(huán)狀結(jié)構(gòu)。文庫構(gòu)建則需要設(shè)計特定的引物和連接酶,以適應(yīng)circRNA的閉合結(jié)構(gòu)。測序平臺可以是Illumina的短讀測序,也可以是PacBio或Oxford Nanopore的長讀測序,后者能夠提供更長的讀取長度,有助于識別完整的circRNA分子.
circRNA高通量測序的應(yīng)用
circRNA高通量測序技術(shù)在基礎(chǔ)生物學研究和臨床研究中的應(yīng)用日益增多。它可以用于鑒定新的circRNA分子、分析circRNA的表達模式、研究circRNA與其他分子的相互作用,以及探索circRNA在疾病發(fā)生和發(fā)展中的作用。例如,通過比較疾病組織和正常組織中的circRNA表達譜,研究者可以發(fā)現(xiàn)與特定疾病相關(guān)的circRNA,這些circRNA可能作為疾病的生物標志物或治療靶點.
最新研究進展
最新的研究進展顯示,研究者們正在開發(fā)新的circRNA測序技術(shù)和分析工具,以提高檢測的靈敏度和準確性。例如,有研究提出了基于滾動圓形反轉(zhuǎn)錄和納米孔長讀測序的全長度circRNA測序方法(circFL-seq),這種方法能夠更有效地識別和定量普通和融合型circRNA的全長異構(gòu)體。此外,還有研究開發(fā)了使用group II intron RT進行rolling circle reverse transcription的circRNA測序工作流(IMCR-seq),這種方法適用于多種物種,并且能夠處理低輸入總量的RNA樣本,這對于臨床樣本尤其有用。
綜上所述,circRNA高通量測序技術(shù)正處于快速發(fā)展階段,新的技術(shù)和分析方法的出現(xiàn)將大大推動circRNA研究的深度和廣度。
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